《纪要》强调，各部门要坚持最严格的环保执法司法制度、最严密的环保法治理念，统一执法司法尺度，加大对环境污染犯罪的惩治力度，最重要的包含十一个问题：

  一是单位犯罪的认定问题。规定了环境污染单位犯罪的认定标准，重点打击出资者、经营者和主要获利者。

  二是犯罪未遂的认定问题。规定可以按对环境造成污染罪（未遂）追究刑事责任的具体情形。

  三是主观过错的认定问题。明确应当依据嫌疑犯、被告人的任职情况、职业经历、专业背景、培训经历以及污染物种类、污染方式、资金流向等证据，做综合分析判断。

  四是生态环境损害标准的认定问题。明确在生态环境损害赔偿制度试行阶段，全国各省（自治区、直辖市）能结合本地真实的情况，根据案件详细情况准确认定生态环境损害标准。

  五是非法经营罪的适用问题。要求坚持实质判断原则和综合判断原则，全链条、全环节、全流程对非法排放、倾倒、处置、经营危险废物的产业链进行刑事打击，查清犯罪网络，深挖犯罪源头，斩断利益链条。

  六是投放危险物质罪的适用问题。明确对于行为人明知其排放、倾倒、处置的污染物含有危险物质，仍实施环境污染行为放任其危害公共安全，导致非常严重后果，以污染环境罪论处明显不足以罚当其罪的，可以按投放危险物质罪定罪量刑。

  七是涉大气污染自然环境行为的处理问题。对重污染天气预警期间，违反国家规定，超标排放二氧化硫、氮氧化物，受过行政处罚后又实施上述行为或具有其他严重情节的，依照法律来追究刑事责任。

  八是非法排放、倾倒、处置行为的认定问题。明确应该依据法律和司法解释的有关法律法规精神，从行为方式是否违反国家规定或者行业操作规范、污染物是否与外环境接触、有没有造成环境污染的危险或者危害等方面做综合分析判断。

  九是有害物质的认定问题。明确应当坚持主客观相一致原则，从行为人的主观恶性、污染行为恶劣程度、有害物质危险性毒害性等方面做综合分析判断，准确认定非法排放、倾倒、处置其他有害于人体健康的物质行为的社会危害性。

  十是从重处罚情形的认定问题。规定了长江经济带十一省环境污染犯罪可以从重处罚的具体情形。

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